癌症治疗的副作用可以是急性的，也可以是慢性的。急性副作用是短期的，治疗期结束后就会消失，而慢性副作用是长期的，可能在治疗后持续数月至数年。由于癌细胞的特点是快速生长，因此化疗专门针对快速分裂的细胞。然而，其他健康细胞也可能迅速分裂并受损，从而导致副作用。最常见受影响的健康细胞是血细胞，毛发细胞，以及口腔、粘膜细胞。

健康血细胞受损导致的常见副作用包括贫血、容易瘀伤和出血以及感染。血液由称为血浆的液体和三种主要细胞类型组成：红细胞、白细胞和血小板。红色血细胞负责通过血液输送氧气，当这些细胞因化疗而受损时，可能会导致贫血。当没有足够的健康红细胞来携带全身所需的氧气时，就会发生贫血。白细胞是免疫系统的主要组成部分，当这些细胞因化疗而受损时，就会增加感染的风险。血小板负责血液凝固，当这些细胞因化疗而受损时，会增加瘀伤和出血的风险。

脱发是化疗的常见副作用，是由于健康毛发细胞受损而引起的。化疗对口腔、咽喉和消化系统中的粘膜细胞造成损害，可导致常见的副作用，如恶心、呕吐、食欲改变、体重变化、口腔溃疡、吞咽困难、便秘和腹泻。疲劳是另一种常见的副作用，可能由多种因素有关，贫血、恶心呕吐、疼痛和失眠等其他副作用均可引起疲劳。

其他典型的副作用包括尿液和膀胱变化、肾脏问题、皮肤和指甲变化、神经问题、记忆问题（称为“化疗脑”）、情绪变化、生育问题和性欲变化。大多数这些副作用在治疗后很快就会消失，但也可能变成慢性。在以上列出的副作用中，治疗后更可能持续数月至数年的副作用是疲劳、化疗脑、神经问题、不孕症以及肾脏和膀胱问题。其他潜在的慢性副作用包括听力损失、骨质疏松症（骨骼脆弱）、白内障（眼睛混浊）、肝损伤和继发性癌症的发展。 继发性癌症可以是新的原发性癌症，也可以是已经扩散到身体其他部位的癌症。在这种情况下，继发性癌症是指因化疗期间健康细胞受损而引起的第二原发性癌症。 某些慢性副作用可能永远不会消失，例如化疗对心脏、肺、肾脏或生殖系统造成永久性损害。